20世纪20年代酒精、甘油、丙酮的发酵项目属于厌氧发酵。此后，发酵工程经历了几个重大转折，并在不断发展和完善。20世纪40年代初，随着青霉素的发现，抗生素发酵工业逐渐兴起。由于青霉素产生菌是需氧菌，微生物学家在厌氧发酵技术的基础上成功引入了曝气搅拌和一套无菌技术，建立了深层曝气发酵技术。它极大地促进了发酵工业的发展，使有机酸、维生素和激素可以通过发酵大规模生产。
1957年日本微生物成功生产谷氨酸，现在发酵可以生产20种氨基酸。
现代意义上的发酵工程是一门开放性学科，具有很强的技术性和应用性，是由多学科交叉融合而形成的。发酵工程经历了农业人工加工、现代发酵工程和现代发酵工程三个发展阶段。
农产品手工加工
发酵工程起源于家庭或车间式发酵生产(农产品的人工加工)，后来参照化学工程实现工业化生产(现代发酵工程)。醉后，又回归到以微生物生命活动为中心的研究、设计和指导工业发酵生产(现代发酵工程)的本来面目，进入生物工程的行列。
现代发酵工程
原来手工作坊式发酵生产是依靠祖先传下来的技能和经验来生产发酵产品，手工劳动繁重。
(来源：南京金口机械集团有限公司)
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