2006年，中央和地方都把扩大国库集中支付改革放在重要位置，加大了改革力度，深化了改革的预算层次，扩大了改革的实施范围，巩固了改革成果。大部分中央部门已将改革落实到所有基层预算单位，预算层级多、情况复杂的部门在2005年改革的基础上，向下级预算单位延伸，大大增加了改革单位的数量。截至2006年底，中央各部门和6100多个基层预算单位实施了国库集中支付改革，预算4600多亿元。同时，150多家以国库名义实行预算管理的中央企业被纳入集中支付改革范围。研究推进中央行政单位和代建单位国库集中支付退休资金改革，进一步扩大改革资金范围。2006年，财政部还将中央农村义务教育专项资金纳入国库集中支付管理，在中央补助地方专项资金支付管理方面取得重大突破，为下一步全面加强专项资金管理奠定基础。
2006年，地方国库集中支付制度改革进程明显加快。省级在全面实施改革的基础上，积极向基层预算单位推进改革，进一步扩大改革资金范围，将政府性资金和预算外资金纳入改革范围；按照改革方案的规范化要求，地级政府全面实施国库集中支付改革；县级改革积极稳妥推进，结合县级管理特点，因地制宜实施改革；湖北、江苏、河南等省已将改革扩大到乡镇。36个省、自治区、直辖市和计划单列市的16万多个基层预算单位实施了国库集中支付改革。
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