(2)国库集中支付风险多元化、隐蔽性强。当前国库集中支付制度改革从根本上改变了财政资金分配方式，财政资金管理由“分散管理”向“集中管理”转变，财政资金风险也由“分散”向“高度集中”转变，导致财政资金支付风险多元化、隐蔽化。一方面，目前纳入国库集中支付的财政资金种类、管理方式、来源较多，在预算、支付计划、支付、清算、会计等各个环节可能存在威胁资金安全的隐患，形成资金运营风险的多样性；另一方面，由于财政资金集中支付金额大，收支业务频繁，财政部门、PBOC、代理行和预算单位之间信息不对称，PBOC财政部难以识别所有相关环节的所有风险，这也是集中支付隐藏风险的原因。
(3)国库集中支付监管存在问题。在当前国库集中支付改革中，监管时间滞后，监管对象增多，国库处于被动清算地位。传统支付模式下，中国人民银行国库部门直接办理财政支出，财政拨款监管为事前监管，更容易发现和解决问题。在现行支付方式下，财政部门下达支付指令，商业银行无条件办理集中支付指令，直接从其财政零余额账户向收款人或用户账户支付资金，并根据当日资金支付情况向PBOC提出清算，客观上造成国库对预算支出监管及时分离，国库部门财政资金拨付监管权被代理行取代。代理银行被划入国库部门清算时，如果国库部门发现支付存在问题，单独拒绝一笔或几笔明细支付是不可能的，无论人民银行如何监管，都会做到。如果补救不及时，很容易形成资本风险。
(4)代理行集中支付的弊端显现。第一，不符合单一账户体系。财政部门在中国人民银行和商业银行开户，违背了单一账户制的初衷。二是代理银行在与国库清算前先向各单位支付资金，导致商业银行先支付后收款，违反了“守信用，执行支付，谁的钱进谁的账户，谁控制，银行不垫付”的支付清算原则。三是商业银行办理集中支付业务时，国库凭证传输环节多，资金结算时间长，降低了国库支付效率。
(e)代理行难以履行其监管职责。代理银行在集中支付系统的建设上投入了大量的人力和财力。可以说，代理银行既是一个追求利益最大化的经营者，又是一个负有监管职责的监管者。代理银行很难很好地履行其监管职责。
完善国库集中支付制度的建议
(一)加强制度建设，建立真正的国库集中支付制度。国库经理必须有法可依，依法执行。新《预算法》没有明确国库监管职责。要进一步修改《预算法实施条例》、《国家金库条例》等相关法律法规及其实施细则，细化中国人民银行国库经理的职责权限，制定统一的国库集中收付制度规定和操作办法，建立真正的国库集中收付制度。很明显国库单一账户是核心，所有财政收入都直接缴入国库单一账户。所有财政支出都是
(二)实现国库集中支付风险的系统化、集成化、全过程管理。在集中支付中，业务环节多，金额大
(三)进一步完善国库集中支付制度，推进国库单一账户建设。按照“横到边，竖到尾”的要求，一是规范国库集中支付制度，退出商业银行完成的集中支付模式，从中国人民银行国库单一账户直接向商品和服务提供者或受款人账户支付支出。二是加快实现非部门预算管理单位国库集中支付。而所有预算单位都纳入国库集中支付管理，非部门预算单位的财政专项支出也纳入国库集中支付管理。
(四)积极推进中国人民银行直接办理国库集中支付业务。目前，国库部门的技术手段已经成熟，中国人民银行国库部门有能力直接办理国库集中支付。中国人民银行国库3T系统极大地增强了国库核算手段和保障能力。可以严格按照《财政国库管理制度改革方案》的相关要求，通过TCBS系统实现财政资金的“集中管理、单独核算、统一调度”，直接将资金划入商品或服务供应商的账户。通过中国人民银行国库直接办理集中支付业务，进一步增强了国库资金的安全性，减少了支付周转环节，既解决了代理银行提前支付资金的问题，又加强了中国人民银行的监管职能，更符合国库集中支付制度改革的目的。
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